Podstawowym celem Zakładu jest organizowanie i prowadzenie w szczególności:
działalności profilaktyczno-leczniczej w zakresie podstawowej i specjalistycznej opieki zdrowotnej w formie opieki stacjonarnej, mbulatoryjnej i doraźnych swiadczeń zdrowotnych
badań naukowych i prac badawczo - rozwojowych, w połączeniu z udzielaniem świadczeń zdrowotnych i promocją zdrowia.
Zgodnie z powyższym do zadań ZOZ MSWiA w Krakowie należy:
udzielanie stacjonarnych świadczeń zdrowotnych w oddziałach szpitala Zakładu oraz świadczeń ambulatoryjnych
wykonywanie doraźnych swiadczeń zdrowotnych (wizyty domowe, udzielanie pomocy medycznej poszkodowanym w wypadkach, zdarzeniach losowych i zagrożeniach nadzwyczajnych)
prowadzenie i rozwijanie działań w zakresie ratownictwa medycznego, przedszpitalnego i szpitalnego
medyczne zabezpieczenie działań służb podległych Ministrowi Spraw Wewnętrznych i Administracji
wykonywanie zadań z zakresu służby medycyny pracy
prowadzenie działalności w zakresie orzecznictwa lekarskiego
obrót środkami farmaceutycznymi i materiałami medycznymi we własnych aptekach oraz zaopatrywanie komórek organizacyjnych Zakładu w leki, materiały i sprzęt medyczny
prowadzenie działalności w zakresie kształtowania postaw i zachowań prozdrowotnych, prewencji i profilaktyki zdrowia
organizowanie i prowadznie szkoleń, a także dokształcanie pracowników zatrudnionych w Zakładzie
medyczne zabezpieczenie wykonywania zadańobronnych Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji