Małopolski Związek Pracodawców ZOZ stawia sobie za cel maksymalnie efektywne wykorzystanie środków przeznaczonych na opiekę zdrowotną, zwiększenie ich stosownie do zapotrzebowania pacjentów oraz szukanie nowych form finansowania tego bardzo „trudnego” sektora.

Cel ten realizuje poprzez występowanie z wnioskami, opiniami i inicjatywami ustawodawczymi do organów administracji rządowej i samorządowej.

Związek ma za zadanie wspierać swych członków – dyrektorów zakładów opieki zdrowotnej w negocjacjach z instytucjami dysponującymi środkami przeznaczonymi na ochronę zdrowia (Kasy Chorych, Narodowy Fundusz Zdrowia) oraz z organizacjami związkowymi pracowników, a także reprezentować interesów dyrektorów wobec ich organów założycielskich.